細菌理論可以追溯到中世紀晚期，儘管直到19世紀中葉在歐洲並沒有多大價值，它還是受到了Avicenna的青睞。但是，並不需要發現接種的成功，接種早於詹納，而後來又發展為更複雜的疫苗。這些都是憑經驗確定的，請參見 Edward Jenner以及Riedel的天花和疫苗接種史。

“ 眾所周知，天花的倖存者對該疾病具有免疫力。早在公元前430年，天花的倖存者就被要求對患病的人進行護理（9）...但是，在發現疫苗之前，對抗天花最成功的方法是接種，這個詞源自拉丁語“ inoculare”，意思是“嫁接”。接種是指將天花病毒皮下注射到非免疫性個體中。...接種，以下簡稱為靜脈注射，很可能早在18世紀歐洲傳入歐洲之前就已在非洲，印度和中國實行。” 。

詹納本人於1757年接種天花，當時年僅8歲，發展為輕度形式的疾病並得以康復，因此他不需要任何理論就可以說服他。他成為博學多才的人，但那是牛頓時代的歷史，當時本著“非芬蘭假說”的精神，實驗證據比理論上的推測更有價值。老派的“解釋”被嘲笑，就像莫里哀的“ ”，就像詹納的老師約翰·亨特在給他的一封信中寫道：“ 我認為您的解決方案是公正的。但是為什麼呢？為什麼不嘗試實驗？”

因此，詹納（Jenner）自1770年代以來收集了十六種病史，並在1796-97年間進行了十二次自己的接種實驗。甚至他用人類感染的動物（能削弱病毒的能力）代替人體宿主的感染組織的想法，都是根據經驗觀察得出的，而不是理論上的觀點，請參見斯特恩和馬克爾的疫苗和免疫史。

這就是說，即使詹納對此沒有興趣，巴斯德以前的接種有效性理論也確實存在，請參閱 Silverstein和Bialasiewicz的獲得性免疫理論史。根據疾病的體液理論，一個早期的病因是Rhazes（約900年），在Drake的1707年理論中，天花可以再次出現，但症狀並未顯現出來，因為“病態物質”會

在18世紀歐洲的接種時代，耗竭理論開始流行，這種設想代替了某些外在因素的幽默失衡進入體內是原因，而體內某些可消耗的底物則使其成為可能。弗拉卡斯特羅（Fracastro）早在1546年就提出了這樣的早期理論，該理論依賴於受阿維森納（Avicenna）啟發的細菌學的早期形式：

“疾病僅是由小種子（敗血症）引起的，但傳染病可能直接在人與人之間傳播，可能是通過被感染的衣服等間接傳播，甚至是在很遠的距離之外……他覺得天花的神學院病並非如此正如Rhazes所建議的那樣，它只對血液具有親和力，但更具體地說，它們對月經血的痕跡具有親和力，我們每個人都應該被認為在子宮內被污染，此後就污染了我們自己的血液。並擴展了Avicenna在11世紀初提出的一個想法...與拉茲斯的理論一樣，弗拉卡斯托羅的理論似乎可以解釋所有已知的現象。 天花相關的現象，這種情況下獲得的免疫力是由月經血污的第一病期間的驅逐所致，沒有這種疾病就無法復發。“

最著名的是他在塞勒姆女巫試驗中的作用，他在1724年提出了另一種這樣的理論，但沒有將外部因素確定為某種細菌。柯克帕特里克推測血液中會耗盡一種“藥丸”，並與傳染性的“原基”結合在一起（1754年）。 ），加蒂（Gatti（1764）將屍體與乾燥的木頭進行比較，單個火花可以點燃它，但此後變得“不可燃”。